Lei Complementar à Constituição Federal 35/1979 (Lei Orgânica da Magistratura Nacional) que:
Art. 33. são prerrogativas do Magistrado:
II – não ser preso senão por ordem escrita do Tribunal ou do Órgão Especial competente para o julgamento, salvo em flagrante de crime inafiançável, caso em que a autoridade fará imediata comunicação e apresentação do Magistrado ao Presidente do Tribunal a que esteja vinculado;
Quanto às algemas, seu uso é permitido se houver "resistência e fundado receito de fuga ou perigo à integridade física própria ou alheia, por parte do preso", conforme Súmula Vinculante nº 11 - STF.
A diferença é q, se o juiz federal praticou crime, será julgado diretamente no STJ (art. 105, I "a", CF).
